潔凈廠房建筑方式可分為土建結構和裝配式兩種，其中普遍采用裝配式。裝配式潔凈廠房系統主要由初，中，高三級空氣過濾的空調送風回風和 排風系統；動力及照明系統；工作環境參數的監測報警消防和通訊系統人流和物流系統；工藝管路系統；維護結構及靜電地面處理等各方面所要求的實施內容組成，形成空調凈化系統工程所包含的整個設備和器材的配套和建筑安裝內容。

所謂無菌病房，換言之就是經過醫療凈化工程升級或建設的現代層流潔凈護理室，即是指通過層流凈化空調系統提供的無菌無塵化環境而用以收治因骨髓移植等極度低下患者的潔凈場所。雖然與平日里整天收治危重危急病人的潔凈手術室相比，其表面可能看似略顯平淡無常，但是實際上其每天亦在發揮著非常關鍵且意義重大的作用。

醫療凈化工程無菌病房(層流護理室)建設，日常于醫院之中主要用于預防性隔離，譬如接受過化學療法的白血病患者，惡性腫瘤經造成白血球減少的患者，再生不良性貧血造成的白血球減少的患者，接受臟器移植前后給予免疫抑制劑的患者，放射線傷害造成的白血球減少的患者以及免疫不全、嚴重、具有呼吸器官疾病的患者等。其目的在于預防被感染。

潔凈廠房一般包括潔凈生產區和為潔凈生產區服務的人身凈化區、物料凈化區、空調凈化機房及其他輔助區域，此外還包括各類工業管道和線路所占據的空間。對于潔凈廠房來說，有潔凈度要求的生產往往僅為部分工序或者部分部件與產品，對兼有一般生產和潔凈生產的綜合性廠房，在考慮其平面布局和構造處理時，應合理組織、物流運輸及消防疏散線路，避免一般生產對潔凈生產帶來不利的影響。當防火要求與潔凈生產要求有沖突時，應采取措施，在保證消防的前提下，減少對潔凈生產的不利影響。空氣調節與凈化、水與氣體的凈化以及電器控制是凈化生產的重要輔助部分。這些機房的規模、設備特征、機房位置以及其空氣循環與分配系統的安排，在很大程度上影響著廠房建筑的空間組合。因此需要解決好它們同生產工藝之間的布局關系，以取得使用上和經濟上的良好效果。